Осуществляется набор в десятые и одиннадцатые классы для специализированной подготовки штурманского состава для морских судов.

Кроме обычных дисциплин, преподаваемых в лицее, школьники знакомятся с основами навигации, астрономии, гидрометеорологии, проходят практическую подготовку на тренажерах по управлению маломерными и морскими судами. В реальных условиях отрабатывают навыки управления шлюпкой, как на веслах, так и под парусом в рамках шлюпочной практики. Проводится также специализированная подготовка по плаванию не только надводному, но и подводному в Центре водно-спортивной подготовки академии.

После завершения подготовки, учащиеся бесплатно получают удостоверения на право управления маломерным судном, после первого курса – рабочие документы рулевого, а после второго – квалифицированного матроса для работы на морских судах в любых судоходных компаниях. Начиная со второго курса, практика проходит на иностранных и российских морских судах, осуществляющих перевозки грузов за рубеж.