Материально-техническая и учебно-лабораторная база академии удовлетворяет требованиям учебного процесса в соответствии с действующими учебными планами и программами.
Академия располагает в Новосибирске тремя учебно-лабораторными корпусами, корпусом водно-спортивной подготовки с плавательном бассейном, геобазой, русловым гидродинамическим комплексом, спорткомплексом. Учебно-лабораторная база академии соответствует повышению качества обучения путём приобщения студентов к работе на современных экспериментальных установках и устройствах. Основные из них:
- опытовый бассейн для испытания моделей судов, как построенных, так и нового типа;
- русловой гидродинамический комплекс;
- экспериментальных исследований на гидравлических русловых моделях;
- лаборатория технических средств судовождения;
- тренажеры ГМССБ и электронной картографии;
- комплексный судоводительский тренажёр;
- лабораторию борьбы за живучесть судна;
- тренажер судомеханика;
- лабораторию управления транспортным процессом;
- лабораторию судовых двигателей внутреннего сгорания, оборудованную современной измерительной аппаратурой и уникальными приборами, в том числе изготовленными самими кафедрами;
- учебно-производственные мастерские для проведения практик студентов;
- 5 учебных судов, в том числе 2 на воздушной подушке;
- учебно-производственное судно типа река-море, оборудованное современной аппаратурой для проведения морских практик студентов и совершающее рейсы в Японию, Китай и Корею;
- яхт-клуб с учебными и спортивными яхтами в количестве 19 единиц;
- учебный вычислительный центр, оборудованный современными компьютерами;
- 24 компьютерных класса.
