В соответствии с планом все преподаватели проходят повышение квалификации раз в 5 лет. Наряду с традиционными формами (ФПК и ИПК, стажировка) всё шире используются командировки за рубеж, участие в международных конкурсах, стажировка на учебных, речных и морских судах.

В соответствии с приказом министерства транспорта Российской Федерации № 101 от 25.11.93 г., в академии создан Центр переподготовки, который осуществляет переподготовку и повышение квалификации руководящих работников и специалистов водного транспорта по 13 программам дополнительного образования. Ежегодно в этом Центре повышает квалификацию более 2000 работников (рядового и командного составов) предприятий и организаций речной направленности г. Новосибирска и Новосибирской области, а также речных центров в городах Сибири и Дальнего Востока.